Las lesiones de jugadores que conformaban el plantel titular del Atlas fueron debilitando al equipo en cuanto a calidad se refiere, pues se podría decir que la columna vertebral que sostenía al cuadro dirigido por José Guadalupe Cruz fue decayendo poco a poco, haciendo que la responsabilidad de clasificar a la liguilla fuera de los compañeros que normalmente se encontraban en el banquillo.

Iniciando con Cándido Ramírez, un jugador que parecía iba a formar parte importante del equipo y sería pieza fundamental en el esquema del Profe Cruz, sufrió una ruptura de ligamento cruzado antes de comenzar el torneo. Posteriormente en marzo pasado, se lesionó a causa de un esguince de rodilla durante un entrenamiento.

El colombiano Stiven Barreiro, que se había perdido gran parte de su primer torneo en el fútbol mexicano y también del actual, sin embargo, el defensa central regresó en la recta final.

Rafael Márquez también fue una de las víctimas de las lesiones que mermaron al conjunto rojinegro y se perdió toda la temporada luego de haber salido de cambio en el partido rumbo al Mundial de Rusia 2018 en contra de Costa Rica. La causa que propició la baja del Káiser fue una lumbalgia que el eterno capitán tuvo que tratar en Estados Unidos.

Otra baja fue la del arquero argentino Óscar Ustari, quien sufrió una impactante lesión en el partido entre zorros y cruzazulinos disputado en el Estadio Azul. Fue una fractura en el codo izquierdo la que lo hizo perderse gran parte de la fase regular. Luego de su recuperación, en el encuentro de la jornada 17 Ustari salió de cambio al sentir molestias musculares. Miguel Fraga lo sustituyó.

Diego Cruz, canterano de los zorros, dio un enorme susto cuando en medio de un partido amistoso entre Atlas y Xolos cayó inconsciente. Afortunadamente fue llevado en ambulancia en poco tiempo.

El lateral derecho y factor importante a la hora de fabricar jugadas de gol, José Madueña, se perdió los cuartos de final de la liguilla en donde los rojinegros fueron eliminados. Un desgarre en el muslo izquierdo lo dejó fuera por tres semanas.

El africano Clifford Aboagye se perdió las tres últimas jornadas del Clausura 2017, pues una complicación en la rodilla izquierda lo hizo salir de cambio en el partido contra Santos.

Jugadores como Luis Robles, Daniel Álvarez, Daniel Arreola, Fidel Martínez y Matías Alustiza sufrieron lesiones pero la no ser de gravedad, no se tomaron mucho tiempo en recuperarse.

Por último Leiton Jiménez se lesionó en la primera parte del juego de vuelta de los cuartos de final. Jiménez fue pieza clave en el plantel para alcanzar la clasificación pues su liderazgo y sus grandes actuaciones en el terreno de juego lo convirtieron en uno de los referentes del cuadro tapatío. Lamentablemente su lesión de rotura de ligamento cruzado tendrá un largo periodo de recuperación y se perderá toda la fase regular de la siguiente campaña.

No cabe duda que las lesiones en el Atlas terminaron por hacer un equipo más reducido y con menos variantes, muchos concluyen en que el fracaso en la liguilla no fue sólo por el planteamiento de José Guadalupe Cruz, sino también por las lesiones que aquejaron al equipo en toda la temporada.